L’Hubei dello Stivale (Parte 72): Delta Force. Vademecum per la quarta ondata (prima parte)

I vaccini funzionano. I contagi si riducono e i ricoveri calano. Anche il vituperato indice Rt scende.

I reparti si svuotano e la zona bianca è ormai realtà.

Qualcuno parla a sproposito di “sconfiggere” il virus o che qualcuno (es. Taiwan e Vietnam o Cina) lo ha già sconfitto.

Balle.

A Taiwan ed in Vietnam vi è stata una recrudescenza di casi, in Giappone i medici implorano il Governo di non far svolgere le Olimpiadi in quanto i contagi continuano ad aumentare.

La Cina, pur inaffidabile per conta di contagi e decessi, non ha potuto nascondere lockdowns sparsi per il Paese in particolare a Guangzhou, città di 16 milioni di abitanti, dove è iniziata una campagna di screening di massa, trasferimenti in autobus di sanitari da altre zone del Paese, creazione di enormi siti per la effettuazione di tamponi h24.

Nessuno può lasciare la città se non con un tampone negativo effettuato entro le 48 ore:

Il COVID-19 è sconfitto?

Neanche per idea. Il coronavirus che provoca la SARS-Cov-2 non ha la minima intenzione di farsi sconfiggere. Anzi, lui non ha nessuna intenzione perchè non pensa. Lui continua a contagiare e a replicarsi perchè quello è il suo unico modus operandi. Il COVID-19 non è come la SARS del 2003 nè come la MERS del 2013.

La SARS è comparsa nel novembre 2002 a Hong Kong ed è scomparsa dalla faccia della terra a luglio del 2003.

La MERS è comparsa a settembre 2012 e dopo allora si sono registrati solo casi sporadici, trasmessi prevalentemente dai dromedari all’uomo o in condizioni di strettissimo contatto tra persone.

Nel mondo vi sono stati 8.096 casi di SARS e, ad oggi, circa 2.600 di MERS.

Anche SARS e MERS sono provocate da coronavirus. Con letalità assai maggiori del COVID-19.

La SARS aveva una letalità dell’11% mentre la MERS ha una impressionante letalità pari al 37%.

Le stime più recenti della letalità del COVID-191 effettuate da noto statistico Ioannidis non arrivano, nella peggiore delle ipotesi, a superare un valore di 1,54%.

Il problema sta nel denominatore: se la malattia è molto contagiosa e si diffonde rapidamente il numero di ospedalizzazioni cresce esponenzialmente ed anche una letalità dell’1% su centinaia di milioni di persone genera milioni di morti.

Inoltre, ai milioni di morti si aggiungono un numero tra 15 o 20 volte superiore di ricoveri il che è letteralmente insostenibile per qualsiasi sistema sanitario.

Tutto questo senza contare i danni “collaterali”; tra questi il “long COVID”, cioè gli effetti clinici a lungo termine che patiscono molti pazienti dopo l’infezione, i decessi per altre cause dovuti all’intasamento delle strutture sanitarie, i riflessi sull’economia, sui posti di lavoro, l’incremento delle malattie mentali e via discorrendo.

Il diavolo è nei dettagli

Escludiamo dal confronto la MERS che si trasmette con molta difficoltà nel contagio interumano ed esaminiamo alcune tra le più importanti patologie a diffusione planetaria degli ultimi 100 anni.

In questo articolo di Lancet2 dell’anno scorso ecco come vengono differenziate le caratteristiche di SARS-CoV-2 (COVID-19), SARS del 2003, l’influenza “spagnola” del 1918-1919, e la pandemia del 2009:

La SARS-CoV-2 di oggi e la SARS del 2003 sono ugualmente contagiose (tasso di riproduzione R0=2,5). Quindi la diffusione del contagio, senza contromisure, è esponenziale.

Però ci sono due importanti differenze che spiegano perchè la SARS si è potuta isolare (e fermare):

  1. Quasi tutti i malati di SARS erano casi gravi
  2. La contagiosità massima della SARS si collocava in un periodo tra 5 e 7 giorni dopo l’inizio dei sintomi

Questo significava che dalle prime manifestazioni di malattia (spesso gravi) e con il conseguente isolamento, la contagiosità maggiore avveniva quando il paziente era già ricoverato.

Nel COVID-19:

  1. La maggiorparte dei casi sono caratterizzati da scarsa sintomatologia
  2. La contagiosità massima avviene tra le 48 ore precedenti la diagnosi e l’inizio dei sintomi
  3. La presenza di molti casi asintomatici aggrava la diffusione del contagio

L’identificazione precoce di molti casi asintomatici risulta impossibile a meno che non si tratti di persone in cui la diagnosi avviene a seguito di tracciamenti mirati.

Guarda caso le caratteristiche della influenza spagnola erano molto simili a quelli della SARS-CoV-2 (alta contagiosità e molti casi lievi). Un mix perfetto per una diffusione senza ostacoli.

Le varianti “incattiviscono” il virus

I virus mutano. Non lo fanno perchè si sentono minacciati. I virus infatti non pensano. I virus mutano perchè replicandosi continuamente possono avvenire errori di trascrizione del loro codice genetico (nel caso dei coronavirus si tratta di RNA a singolo filamento). Alcuni di questi errori non cambiano di una virgola il comportamento del virus, altre mutazioni lo rendono addirittura quasi inoffensivo. Altre mutazioni danno invece un vantaggio evolutivo al virus stesso e lo rendono più contagioso e più letale.

Tutti i virus evolvono sulla base di caratteristiche quali la virulenza e la infettività.

La virulenza consente al virus di determinare manifestazioni di malattia più severe, di aumentarne la letalità o ambedue le cose insieme. L’infettività rende il virus più contagioso ed in grado di diffondersi più rapidamente.

Una aumentata virulenza e infettività sono molto più vantaggiose dal punto di vista riproduttivo.

Ecco perchè la nuova variante prende il sopravvento sul ceppo prevalente fino a quel momento.

Quante sono le varianti e quante ce ne saranno ancora

Un po’ per mettere ordine nella nomenclatura, un po’ per evitare di associare (e stigmatizzare) le varianti con il Paese in cui sono state scoperte, l’OMS ha deciso di cambiare il nome a queste varianti utilizzando le lettere greche.

Le varianti di maggiore rilevanza (VOC: variant of concern) sono finora 4. Il Paese in cui è avvenuto il primo isolamento è presente nella penultima colonna.

Giusto per raccordare tale nomenclatura con quella in uso precedentemente le varianti elencate sono dall’alto in basso: la inglese, la sudafricana, la brasiliana e l’indiana.

La VOC, ovvero le varianti di questo specchietto hanno una o più di queste 3 caratteristiche:

  1. Aumento di contagiosità
  2. Aumento della virulenza
  3. Riduzione di efficacia nelle misure di mitigazione, nella capacità di identificazione con mezzi diagnostici o riduzione di efficacia di vaccini e terapie

Non tutte le mutazioni danno origine a varianti che diventano VOC. Alcune di esse però possono diventare “varianti di interesse” (VOI: variant of interest) quando sono la causa di molteplici catene di contagi.

Se una variante possiede una o più delle 3 caratteristiche di cui sopra allora diventa una VOC.

Così è avvenuto per la variante Delta, che ad Aprile 2021 fu identificata in molteplici casi di contagio in India (VOI) e che, a seguito delle caratteristiche di contagiosità e virulenza è diventata una VOC.

In India la variante Delta è stata la responsabile di una tremenda ondata che non ha risparmiato chi aveva già contratto il virus precedentemente. La stessa cosa era avvenuta in Brasile con la variante gamma (in particolare nella città amazzonica di Manaus – vedi questo post).

Ma quante varianti sono in attesa di fare il “grande salto”?

Sono molte purtroppo. Non è detto che tutte riescano a diventare varianti di rilievo come le 4 VOC attuali. Ma da questo specchietto dell’OMS potete immaginare che il serbatoio di varianti potenzialmente pericolose è elevato:

Il COVID-19 si è potenziato. E di molto

Da quando la variante Alfa (più nota come variante inglese) è stata scoperta nel Kent, la diffusione del coronavirus ha visto una impennata di contagi, inizialmente in Europa e poi in tutto il mondo. Fu scoperta nel Dicembre 2020 e all’epoca si stimò fosse tra il 50 e l’80% più contagiosa del virus originario.

La forma originaria (prima ondata – marzo 2020) fu sostituita nel periodo marzo-giugno 2020 con una variante intermedia (la D614G) che non presentava caratteristiche molto differenti da quella originaria.

La variante Alfa, da dicembre 2020, “conquistò” il pianeta spazzando via la variante D614G in soli 4 mesi.

Ma non si trattava più dello stesso coronavirus di marzo 2020.

Le sue caratteristiche “sorprendenti” sono state oggetto di una pubblicazione non ancora data alle stampe che si trova sulla banca dati Biorxiv3.

La variante Alfa ha 23 mutazioni di cui 9 coinvolgono la nota proteina “spike” posta sulla superficie del virus la cui funzione è quella di “agganciarsi” alla cellula. In questo precedente post venivano definite le caratteristiche principali di queste mutazioni.

I ricercatori si sono concentrati da subito sulle mutazioni che modificavano la proteina “spike” in quanto esse ne aumentavano la affinità al recettore cellulare umano. Il virus entrava con maggiore facilità all’interno della cellula e ciò aumentava la sua diffusione.

Ma la recente scoperta pubblicata su Biorxiv ha evidenziato un’altro aspetto inquietante: mettendo in coltura cellule polmonari infettate con la variante Alfa e altre cellule polmonari infettate con varianti precedenti hanno constatato che le cellule polmonari contagiate dalla variante Alfa producevano molto meno interferone.

L’interferone è fondamentale per la nostra risposta immunitaria. Ridurne la produzione dà un grosso vantaggio al coronavirus. E’ come se in un attacco militare notturno non suonasse l’allarme per le truppe.

Come faccia la variante Alfa a “silenziare” la produzione di interferone è stato scoperto dagli stessi ricercatori4. La variante Alfa produce quantità fino a 80 volte superiori di una proteina virale chiamata Orf9b.

Questa proteina interagisce con una proteina umana (Tom70) che è essenziale per la produzione di interferone.

In questo modo il virus, bloccando la “sirena” d’allarme può invadere le cellule moltiplicandosi più velocemente.

La proteina mitocondriale Tom70 (in blu) e la proteina virale Orf9b che la blocca (da Science cit.)
La proteina mitocondriale Tom70 (in blu) e la proteina virale Orf9b che la blocca (da Science cit.)

Beta e Gamma invadono Africa e Sudamerica

Della variante Gamma (ex Brasiliana, o P.1 o variante di Manaus) abbiamo già detto in un precedente post. La variante Beta (o Sudafricana) ha molti tratti in comune con essa.

Per la prima volta si è dimostrato che queste due varianti possono evadere parzialmente la risposta ai vaccini.

In questo articolo su Science viene confrontata l’efficacia di diversi vaccini a seconda del Paese in cui si è effettuata la sperimentazione:

Astrazeneca, pur molto efficace sulla variante Alfa, non serve a nulla contro la variante Beta. Per tale motivo il Sudafrica ha interrotto la somministrazione del vaccino a febbraio 2021. Anche Johnson & Johnson e il nuovo vaccino Novavax (non ancora disponibile) hanno una efficacia ridotta. Pfizer e Moderna devono ancora rilasciare dati affidabili.

E ora la Delta Force

La Delta è la peggiore di tutte, perchè nel meccanismo evolutivo il coronavirus ha trovato il modo di essere ancora più efficiente.

Entro pochi mesi la variante Delta diverrà prevalente (costituisce già il 90%casi in UK ed il 10% negli USA). Si diffonde ad una velocità impressionante ed è ancora più contagiosa della variante inglese.

Inoltre, come la variante Beta e Gamma elude parzialmente i vaccini.

E’ ancora presto per cantare vittoria.

E nel prossimo post vedremo perchè.

(continua nel post 73)


  1. Ioannidis, John P A. (‎2021)‎. Infection fatality rate of COVID-19 inferred from seroprevalence data. Bulletin of the World Health Organization, 99 (‎1)‎, 19 – 33F. World Health Organization. http://dx.doi.org/10.2471/BLT.20.265892
  2. Petersen, Eskild, Marion Koopmans, Unyeong Go, Davidson H. Hamer, Nicola Petrosillo, Francesco Castelli, Merete Storgaard, Sulien Al Khalili, e Lone Simonsen. 2020. «Comparing SARS-CoV-2 with SARS-CoV and Influenza Pandemics». The Lancet Infectious Diseases 20 (9): e238–44. https://doi.org/10/gg5r78.
  3. Thorne, Lucy G, Mehdi Bouhaddou, Ann-Kathrin Reuschl, Lorena Zuliani-Alvarez, Ben Polacco, Adrian Pelin, Jyoti Batra, et al. 2021. «Evolution of enhanced innate immune evasion by the SARS-CoV-2 B.1.1.7 UK variant». bioRxiv, gennaio, 2021.06.06.446826. https://doi.org/10/ghkf.
  4. Gordon DE, Hiatt J, Bouhaddou M, Rezelj VV, Ulferts S, Braberg H, Jureka AS, Obernier K, Guo JZ, Batra J, Kaake RM, Weckstein AR, Owens TW, Gupta M, Pourmal S, Titus EW, Cakir M, Soucheray M, McGregor M, Cakir Z, Jang G, O’Meara MJ, Tummino TA, Zhang Z, Foussard H, Rojc A, Zhou Y, Kuchenov D, Hüttenhain R, Xu J, Eckhardt M, Swaney DL, Fabius JM, Ummadi M, Tutuncuoglu B, Rathore U, Modak M, Haas P, Haas KM, Naing ZZC, Pulido EH, Shi Y, Barrio-Hernandez I, Memon D, Petsalaki E, Dunham A, Marrero MC, Burke D, Koh C, Vallet T, Silvas JA, Azumaya CM, Billesbølle C, Brilot AF, Campbell MG, Diallo A, Dickinson MS, Diwanji D, Herrera N, Hoppe N, Kratochvil HT, Liu Y, Merz GE, Moritz M, Nguyen HC, Nowotny C, Puchades C, Rizo AN, Schulze-Gahmen U, Smith AM, Sun M, Young ID, Zhao J, Asarnow D, Biel J, Bowen A, Braxton JR, Chen J, Chio CM, Chio US, Deshpande I, Doan L, Faust B, Flores S, Jin M, Kim K, Lam VL, Li F, Li J, Li YL, Li Y, Liu X, Lo M, Lopez KE, Melo AA, Moss FR 3rd, Nguyen P, Paulino J, Pawar KI, Peters JK, Pospiech TH Jr, Safari M, Sangwan S, Schaefer K, Thomas PV, Thwin AC, Trenker R, Tse E, Tsui TKM, Wang F, Whitis N, Yu Z, Zhang K, Zhang Y, Zhou F, Saltzberg D; QCRG Structural Biology Consortium, Hodder AJ, Shun-Shion AS, Williams DM, White KM, Rosales R, Kehrer T, Miorin L, Moreno E, Patel AH, Rihn S, Khalid MM, Vallejo-Gracia A, Fozouni P, Simoneau CR, Roth TL, Wu D, Karim MA, Ghoussaini M, Dunham I, Berardi F, Weigang S, Chazal M, Park J, Logue J, McGrath M, Weston S, Haupt R, Hastie CJ, Elliott M, Brown F, Burness KA, Reid E, Dorward M, Johnson C, Wilkinson SG, Geyer A, Giesel DM, Baillie C, Raggett S, Leech H, Toth R, Goodman N, Keough KC, Lind AL; Zoonomia Consortium, Klesh RJ, Hemphill KR, Carlson-Stevermer J, Oki J, Holden K, Maures T, Pollard KS, Sali A, Agard DA, Cheng Y, Fraser JS, Frost A, Jura N, Kortemme T, Manglik A, Southworth DR, Stroud RM, Alessi DR, Davies P, Frieman MB, Ideker T, Abate C, Jouvenet N, Kochs G, Shoichet B, Ott M, Palmarini M, Shokat KM, García-Sastre A, Rassen JA, Grosse R, Rosenberg OS, Verba KA, Basler CF, Vignuzzi M, Peden AA, Beltrao P, Krogan NJ. Comparative host-coronavirus protein interaction networks reveal pan-viral disease mechanisms. Science. 2020 Dec 4;370(6521):eabe9403. doi: 10.1126/science.abe9403. Epub 2020 Oct 15. PMID: 33060197; PMCID: PMC7808408.

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